阴茎的大小和男人基因有关，如果，男人出现阴茎短小的情况，首先就要检查一下脑垂体，看看性激素是否分泌异常，因为，百分之八十的阴茎短小，都是因为性激素分泌过少所致!
1、遗传因素。阴茎与身体其它器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。
2、发育与营养状况。一般来说，成年男性体格健壮，身材高大，其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些，但是值得指出的是，阴茎的大小不会与身高成正比例，常可以见到一些身高不足1.60米的男性，其阴茎勃起时可以达到18厘米以上。
3、肥胖。一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
4、其它方面。如内分泌紊乱，男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎回缩等，都可能造成阴茎短小。
如何自我判断小阴茎
阴茎的长度是指用手提阴茎头尽量拉直，即相当于阴茎充分勃起时从阴茎顶到耻骨联合的距离。成人一般以阴茎松弛长度不足3cm为小阴茎。
1、新生儿小阴茎多在lcm以下，甚至有不足0.5cm者，青春期或成年期均短于5cm，横径亦小。阴茎外观大致正常，尿道正常并开口于阴茎头部。
2、阴茎勃起无力或不能勃起，绝大部分不能性交。
3、睾丸、阴囊及前列腺发育不全。
4、第二性征不发育，如无胡须、腋毛及阴毛稀少，无喉结，部分病人有乳房增生。
5、严重的小阴茎可出现排尿困难。对小阴茎者需行系统的内分泌检查包括绒毛膜促性腺激素刺激试验，以检测有无脑垂体或睾丸功能不良，放射免疫法测定性激素显示血浆睾酮(T)及雌二醇(E2)浓度均低，E2及T均高。睾丸活组织病理检查表现为生精小管上皮发育不良，基底部玻璃样变或纤维化，无成熟的精细胞。检查染色体核型以除外性别异常。特发性小阴茎内分泌检查正常。
6、对严重的出现排尿困难的患儿，应尽早施行尿道整形术以解决排尿。内分泌治疗是小阴茎的主要疗法，因为小阴茎的主要病因是雄性激素缺乏。所以合理地使用雄性激素可以得到较好的效果，而且年龄愈小治疗效果愈好。药物剂量应根据其年龄对药物的敏感程度而不同。一般丙酸睾丸酮1～2mg/kg，每周1～2次，3个月为一疗程。治疗过程中可测定血浆和尿中睾丸酮含量以调整药量。用药期间阴茎可有明显增长，但停药后仍可缩小，然而长期大量使用雄激素可使患儿性早熟和骨骺早期愈合。(参考网站：寻医问药)
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