男性阴茎短小症多见于先天性，少数为后天的。阴茎短小是男性疾病的一种，阴茎的大小是受遗传因素的影响。
先天症的有睾丸发育不全症又称克氏综合症。这类病人，身材高大而阴茎却短小，睾丸小，阴茎虽能勃起，且具有性欲、射精和遗精等正常性功能，但由于睾丸不能产生精子，所以排出的精液中无精子，因而无生育能力。
先天性小睾丸症，阴茎也短小，由于睾丸分泌男性激素不足，因而缺乏性欲和正常性功能，虽然可以使用睾丸酮来治疗，但只能增强性功能，而不能生育。先天性真性男性阴茎短小目前仍无治疗方法。
后天性的阴茎短小，主要因睾丸萎缩引起，如：长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒，长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸萎缩。
后天性真性男性阴茎短小症的睾丸分泌雄激素功能正常，性染色体也正常，主要是精子生成障碍而引起不育症，但并不影响生殖器官及第二性征的发育，也不影响正常的性欲和性功能。后天性的真性男性阴茎短小症，经过治疗或避免损伤，睾丸功能的工作，是可能逐步得以恢复的。
一旦发现患病，应该立即主动到正规医院接受正规治疗，千万不要讳疾忌医，更不要病急乱投医、乱吃药，只要明确诊断，对症下药，定期复查，完全可以控制病毒，并最终达到治愈的效果，但如果治疗不当将后患无穷。
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